An der Stelle von zwei kleinen Häusern aus dem 13. Jahrhundert errichtete Edmund Sinnhuber, Abt des Stiftes St. Peter, im Jahr 1696 ein Pensionat für würdige Klosterbedienstete. Seit Mitte des 19. Jahrhunderts diente die Edmundsburg als Rettungsanstalt für arme Knaben, noch bis Ende der fünfziger Jahre war ein Internat im Haus untergebracht. 1961 wurde hier das Internationale Forschungszentrum für die Grundfragen der Wissenschaften gegründet.

Seit Herbst 2008 hat die Paris-Lodron-Universität das Gebäude, das sich im Besitz der Erzdiözese Salzburg befindet, als Haus für Europa neu etabliert. In der Edmundsburg befindet sich außerdem das Salzburg Centre of European Union Studies (SCEUS), der Fachbereich für Wirtschafts-, Arbeits- und Europarecht und ein europäisches Doktorandenkolleg.

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